Le catharisme s'est d'abord développé à visage découvert. Les prédicateurs, parcourant inlassablement villes et campagnes, exposaient, en la simplifiant, leur doctrine et invitaient les gens à rejoindre leur religion.
L'hérésie se répand très vite, gagne tout le Languedoc. Elle devient un grave danger pour l'Église Romaine qui va d'abord lancer une croisade spirituelle pour regagner le terrain perdu. Pour cela, le pape désigne successivement plusieurs légats, mais leur mission échoue. On fait même appel à St Bernard, qui obtient, lui, quelques succès, notamment à Albi, ce qui expliquerait l'expression 'Croisade des Albigeois' donnée plus tard à la croisade contre les cathares. A son départ, l'hérésie reprend de plus belle.
La position de Rome se durcit au concile de Latran en 1179 : elle condamne solennellement l'hérésie et fait appel pour la première fois au pouvoir séculier (non religieux), au roi de France Philippe Auguste et aux princes. Les menaces se précisent : excommunication et refus de sépulture en terre chrétienne pour tous les hérétiques. Le roi de France refuse de s'engager, quant au plus grand seigneur du Midi, Raymond VI, comte de Toulouse, il est l'ami et le protecteur des Cathares. On inaugure alors une nouvelle méthode en organisant des conférences contradictoires au cours desquelles débattaient un tenant de la religion cathare et un tenant de la religion catholique. Les débats ont un succès considérable dans une région où le prestige de l'éloquence est très grand.
Nouveau durcissement en 1198 avec l'élection du nouveau pape Innocent III. Il mobilise tous les seigneurs féodaux contre l'hérésie, laissant déjà prévoir la croisade en cas d'insuccès. De nouveaux légats, dont Pierre de Castelnau et Arnaud Amaury, ont les pleins pouvoirs pour chasser l'hérésie et les hérétiques hors du pays. A côté de ces deux cisterciens dont le rôle sera déterminant dans les événements futurs, apparaît un autre personnage très important : Dominique Guzman (futur St Dominique et fondateur de l'ordre des Dominicains). A son initiative, les prédicateurs imiteront désormais les Parfaits dans leur simplicité et leur austérité : ils iront sans escorte ni bagages, vêtus d'une robe blanche et vivant de charité.
Pierre de Castelnau, voulant soumettre Raymond VI, se verra opposer un refus du comte qui sera excommunié par le pape Innocent III. Peu de temps après, le légat sera tué par un chevalier de Raymond VI. C'était en 1208, près de St Gilles. Le comte de Toulouse est jugé responsable du meurtre, bien qu'aucune preuve ne vienne étayer ce jugement et cet événement sera le point de départ de la Croisade des Albigeois.
Elle débute en 1209. Les seigneurs du Nord, contrairement au roi de France, répondent avec enthousiasme à l'appel du pape, et une formidable armée se forme. La croisade se met en route par la vallée du Rhône. Le midi cathare prend vite conscience de la gravité de la situation : il faut s'organiser vite, et, seul , le comte de Toulouse peut être le chef de la résistance aux Croisés.
C'est alors qu'intervient le revirement total de Raymond VI . Après une tentative d'union qui échoue avec son neveu Trencavel (seigneur de Béziers, Carcassonne et Albi), il choisit une solution peu honorable pour protéger ses domaines. Il se soumettra et sa soumission sera totale.
Un concile se réunit à St Gilles pour lever l'excommunication du Comte. Au cours d'une cérémonie humiliante au cours de laquelle il est frappé de verges (la punition n'était pas rare au Moyen Âge), il renie, une par une, toutes les fautes que lui impute l'Église, demande pardon, fait le serment d'obéir au pape et la promesse de chasser tous les hérétiques de ses domaines. Un comble : il sollicite la croix ! Raymond VI le Cathare devient un Croisé ! Ce revirement change les objectifs de la croisade qui ne pourra agir sur les terres du Comte.